O Comitê de Governança Nacional é a principal esfera da governança da Comunitas. Ele é composto por líderes empresariais que são responsáveis por estabelecer diretrizes, determinar o escopo das atividades e acompanhar as ações em cada localidade. A organização também promove reuniões periódicas com o grupo, nas quais são definidas as ações estratégicas do período seguinte, bem como são avaliados os resultados dos projetos.

Há também o Comitê de Líderes Locais, empresas e organizações situadas nas cidades que fazem parte da rede da Comunitas. A união de ambos os grupos forma o Núcleo de Governança da Comunitas, que estabelece um compromisso de governança compartilhada e transparente com o prefeito e seus secretários. Esse modelo é fundamental para a sustentabilidade das ações.

No nível executivo, o modelo de governança do Juntos é composto pela equipe da Comunitas, pelo comitê gestor dos governos e por consultores especializados. Esses são os atores responsáveis pela operação do programa no dia-a-dia das cidades. A equipe da Comunitas lidera a operação, sendo responsável por articular as parcerias e gerir a rede de stakeholders engajados no programa, em diálogo permanente com os governadores, prefeitos e secretários.

• Reuniões de Governança: Acontecem a cada 3 meses, com a participação das lideranças públicas e empresariais de cada território, além da presença de representantes do Comitê de Governança Nacional. Esses encontros possuem o  objetivo de validar as ações e entender os principais desafios da gestão pública local. 
• Reuniões de nível 1: Têm a participação da liderança local (prefeito ou governador), secretários de gestão, e a troca acontece entre os parceiros técnicos da Comunitas, com o objetivo de validar e tirar as principais dúvidas em relação aos projetos.
• Reunião de nível 2: Esses encontros contam apenas com a participação dos secretários estaduais ou municipais e parceiros técnicos da Comunitas. Nessas ocasiões, são validados relatórios de desvios, análise crítica do alcance das metas e proposição de novas ações.
• Reunião de nível 3: Essas reuniões contam com a participação dos secretários estaduais e municipais e equipes das secretarias. Nesses casos, são feitas as análises dos alcances das metas, acompanhamento da execução das ações, proposição de novas ações e elaboração dos relatórios de desvios.